天龍八部里說虛竹是少林寺第三代第子，那少林寺就是在那會才有的嗎？

你可能是存在理解上錯誤。舉辯
所謂第三代弟子，是指當時坦禪寺內的僧人按輩分排，讓答塵虛竹排在第三代！即虛竹這一代 虛竹師傅一代，虛竹的師祖一代！

那好像只是小說吧

金庸先生虛構的故事，不要太較真。