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游戲最初的時候，我們可以很明確地看出黑山研究所的研究人員希望將層疊共振（半條命2中翻譯為“共振串接”）實驗成功。Half-Life里的一封信這樣寫道：管理者曾一再強調(diào)實驗樣本的重要性，然而在初步試驗中就出現(xiàn)了異常波動的光譜分析，同樣，實驗中用到的分光計按規(guī)定只能調(diào)到80%的功率，但卻被研究人員被調(diào)到了105%。
當(dāng)時，黑山研究所的研究人員在實驗中運用了一種叫做“心靈傳輸”的技術(shù)。于是一個相鄰的世界，也就是我們提到的Xen，被意外地發(fā)現(xiàn)了。為了將試驗進行到底，Xen很自然的成為了一個中間站，一些勘探小組被送往這個世界采集實驗所需樣本。然而，科學(xué)家們最終決定背棄所謂的社會道德，進一步對樣本進行決定性的測試。這樣心靈傳輸領(lǐng)域的一個新理論誕生了，科學(xué)家們也隨即放棄了先前以Xen為中心的研究計劃，并切斷了與勘探小組的聯(lián)系。
當(dāng)Freeman將樣本推入光波的一瞬間，層疊共振發(fā)生了，其結(jié)果導(dǎo)致了地球與Xen兩個空間的合并，大量的外層空間生物闖入了這個混合體之中。雖然負責(zé)本次實驗的Keller博士在事故后關(guān)閉了地球與Xen之間的這道裂縫，但還是于事無補，巨大的災(zāi)害已經(jīng)成為事實，而且更糟糕的是那些外空間生物也掌握了這項技術(shù)，正在逐步向人類逼近。但是有很重要的一點也要注意，其實Xen上居住的生物本身是不具有危害性的，即便是它們被突然間傳送到一個陌生的世界也不會有異常表現(xiàn)，但是它們并不代表著所有生物。Xen上并不只有一個種族，而是群居著好幾個種族。那些野種，比如Headcrab, Houndeye 和Bullsquid，他們相當(dāng)野蠻，想做什么就做什么。另外還有一些有知覺的生物，比如Vortigaunt, Controller 和 Alien Grunt，Vortigaunt族是標(biāo)準的奴隸，從他們手腕、脖子上戴著的枷鎖可以看出它們是被一些更強大的生物所控制。 Nihilanth，Xen上所有部落的領(lǐng)袖　這個巨大的家伙叫Nihilanth，是Xen上所有部落的領(lǐng)袖。通過分析這個最終被Freeman殺死的怪物，我們可以很清楚地看到這背后還蘊藏了一個更大的陰謀，這也成為了從HL到HL2過渡的基線。讓我們來看看：
它的身體靠一個金屬底座支撐，底座的形狀很像是Combine Fortress里的堡壘。 它具有一個高度發(fā)達的頭部和相對并不發(fā)達的腿部（依靠我們前邊所提到的金屬底座完成行動）。 它的腕部也帶著枷鎖，暗示了它也是一個奴隸。 它的胸部和腹部有明顯做過手術(shù)的痕跡，很可能它之前是一個善良的領(lǐng)袖，只是后來被捕獲并強制做了手術(shù)變得開始受人擺布（這樣看來，很可能與Combine有關(guān)）。 這些特征揭示出什么呢？Combine與Nihilanth之間又有怎樣的關(guān)系呢？依本人的愚見，我認為在人類發(fā)現(xiàn)Xen之前，Xen就已經(jīng)被Combine控制了。Combine征服了這一世界之后， 把它交給了已經(jīng)被改造過的Nihilanth管理。在Freeman殺死了Nihilanth之后，人類開始控制Xen,這就不得不引起了Combine的注意。Combine很可能會這樣想，如果人類有能力讓它們引起注意，如果人類能夠接管一個在它們控制之下的世界，那么人類必然會對他們構(gòu)成威脅。所以Combine決定搶先一步向地球發(fā)動攻擊。　Combine的一個共同目標(biāo)就是打敗人類和Xen世界的生物，這就解釋了為什么我們看到人類的反抗者和Vortigaunt站在了同一邊。Xen那些有知覺的生物可以通過思維進行選擇，而那些低級的生物則無法做出選擇，它們只會對所有它們周圍的人和物發(fā)動攻擊。
還有一點似乎無關(guān)主題：共振的范圍究竟有多大？只是那些設(shè)備和周圍附近的地方受到Xen生物的影響，還是說整個地球都與Xen合二為一。由于在HL及其附加任務(wù)中，主角都被限制在某些特定的場景里，所以實際上我們并不清楚共振的范圍。兩者都顯得似是而非，而且似乎都只是受到微乎其微的影響。這也恰恰構(gòu)成了之后的十年間所要發(fā)生的一切。
那么這十年間都發(fā)生了什么呢？我們知道Freeman接受了G-MAN（可以依據(jù)"Pieces On A Chessboard"章節(jié)來推測這個神秘人物）派給他的工作。十年之后HL2又拉開了序幕。 順便說一下，從Freeman的信（參見HL游戲手冊的第一頁）中我們知道了這一切，知道了200-年12月黑山研究所里發(fā)生的這一切。然而時間具體是哪一年我們并不知道，所以盡管我們認為2000年更為準確，但它完全有可能是2000-2009年中的任何一年，所以HL2有可能發(fā)生在2010年（當(dāng)然也可以是2019年）。
無論怎樣，我們所關(guān)心的只是十年間Freeman究竟在哪兒，在做什么。按我的理解，在G-MAN最開始的談話中我們找到了答案。
“蘇醒吧，F(xiàn)reeman，蘇醒吧。別介意我并不是有意埋怨你，我的孩子，沒有人比你更應(yīng)該得到休息了。只是我們所有的努力都變成了過去，變的那么毫無意義。正義之子面對有悖常理的世界，會令世界天翻地覆……醒來吧，F(xiàn)reeman，醒來吧，去戰(zhàn)斗吧！”
你可能會認為Freeman在這十年間休息了很久。但是對于Freeman來說，時間并沒有一絲一毫的流逝。時間只不過是相對于我們而言，按照這樣來說，一切都可以解釋得通了。我認為G-MAN把Freeman放入了某種低溫裝置（Time Slow Warp），使Freeman在此長眠。所以他并不知道這十年間所發(fā)生的一切，甚至可能都沒有老去，因為他看上去還和以前一樣，哪怕是一丁點的變化都沒有。他在HL的盡頭睡去，又在HL2的開始醒來，而這一晃就是十年。
HL2的開始很可能是在鐵軌車上，就像我們在2004年E3大展上看到的那樣（伴隨著G-MAN的獨白）。Freeman作為一個普通人的身份出現(xiàn)，就像周圍所有人那樣，所以它只是穿了便裝，而不是我們所熟悉的HEV服裝。我認為G-MAN之所以讓Freeman出來，是因為他深信Freeman依靠自己的智慧和才能，能夠堅持到最后并成功地逃出去。
當(dāng)然Freeman也會花一定的時間去適應(yīng)這十年所發(fā)生的變化，就像上面我們所提到的，在這期間Combine侵略了地球并控制了人類。